I en fjern fremtid bebor mennesker ikke længere Jorden. Årsagen til deres forsvinden (eller måske deres undergang) er ukendt, men deres fravær efterlod et tomrum klar til at blive fyldt af en anden intelligent art.
Over utallige generationer udviklede en art af de ydmyge honningbier sig til at udfylde det tomrum. De voksede i størrelse og intelligens for at blive en meget avanceret samfund. De kalder sig selv Mellifera, og udover teknologien, de overtog fra menneskelige ruiner, har de gjort betydelige teknologiske fremskridt, herunder rumrejser.
I Apiary, styrer hver spiller en af tyve unikke fraktioner. Din fraktion starter spillet med en bikube, nogle ressourcer og arbejderbier. En udfordring med placering af arbejdere og opbygning af bikuben venter på dig: udforsk planeter, saml ressourcer, udvikl teknologier og lav udskæringer for at vise din fraktions styrker (målt i point) over et års Flow. Men Døden nærmer sig hurtigt, og dine arbejdere kan kun udføre nogle få handlinger, før de skal gå i dvale! Kan du trives eller blot overleve?
